Yapılan hatalı Restorasyon sonradan ortaya çıktı!Daha önce farklı zamanlarda restorasyona uğrayan Hırka-i Şerif Camii’nin restorasyonunda çimento kullanıldığı tespit edildi.
Özellikle cami içinde aydınlatma amacıyla elektrik kullanımına başlanan yıllarda elektrik kablolarına tesisat kanalı açmak için duvarlarda delikler açıldığı gözlendi.
Mermer kapı girişlerinin çeşitli dönelerde farklı renklere boyanarak asıl renginin dışında uygulamalar yapıldığı yine restorasyon çalışmalarında ortaya çıktı. Gerçekleştirilen son restorasyon çalışmasıyla geçmişte yapılan yanlış uygulamaların telafisi için yoğun bir çaba sarf ediliyor.